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Processus et ordonnancement des tâches éditoriales de l' Atlas - Editorial workflow in the Atlas

L' équipe éditoriale de l' Atlas est composée des 5 salariés de l' association: Anne, Mohammad, Carol, Vanessa et Mélanie.

 

Pour chacun des thèmes traités dans l’Atlas (gènes, leucémies, tumeur solides, maladies héréditaires à risque accru de cancer, 'deep insight', …), l'équipe éditoriale doit expertiser les sujets (ou 'items') qui pourront être publiés sur le site.

Par exemple, pour les gènes, l'équipe éditoriale doit tout d’abord, à l’aide d’une liste pré-établie de gènes potentiellement impliqués dans le cancer (liste déterminée par algorithme sur diverses bases de données par le directeur de base de données Philippe Dessen), vérifier si ces gènes sont réellement impliqués dans la cancérogénèse. Pour cela, l'équipe éditoriale doit étudier la bibliographie disponible, principalement à partir de PubMed. L'équipe éditoriale recherche ensuite s’il existe suffisamment de données publiées pour qu'une revue détaillée puisse être écrite.

Pour les autres thèmes (leucémies, tumeur solides, maladies héréditaires à risque accru de cancer, …), la recherche de bibliographie s’effectue aussi à partir de PubMed, ainsi que sur des sites plus spécialisés (Mitelman, Orphanet, OMIM, WHO, …). Cette recherche permet de privilégier les sujets où des publications récentes et en assez grand nombre sont disponibles pour obtenir des revues de qualité.

L'équipe éditoriale détermine ainsi si un sujet doit faire l’objet d’une publication ou non. Ensuite, l’auteur le plus à même d'écrire cette revue doit être choisi.

 

Une fois le sujet retenu, l'équipe éditoriale recherche parmi les publications récentes, quelle équipe/quel auteur sera le plus à même d’écrire pour l’Atlas, et c' est là une deuxième expertise. Pour ce choix, doit être pris en compte le nombre de publications de l’auteur, l’ 'impact factor' de ses publications et aussi son statut: clinicien, biologiste hospitalier, chercheur, de diverses disciplines: oncologues, spécialiste d'organe, biologiste en cytogénétique, biologie moléculaire, biologie cellulaire, physio-pathologie, etc...). Une équipe visiblement pluridisciplinaire aura préférence.

Cette étape est délicate. Selon l’auteur choisi, la qualité de la revue risque d’être plus ou moins élevée et la revue sera plus ou moins axée vers un versant fondamental ou clinique.

Les qualités de clarté dans la présentation des données, de synthèse, l'utilisation de schémas ou d' imagerie médicale (au sens large, incluant l' anatomo-pathologie et les chromosomes) sont bien sûr prises en compte.

 

Doivent être conservées dans des fichiers toutes les données importantes sur les auteurs ainsi que sur les items (gènes, leucémies, tumeurs solides, ... ).

Par exemple, pour chacun des gènes, sont répertoriés dans des tableurs l’implication du gène, et toute information jugée utiles pour de futures recherches (auteurs à contacter, leurs coordonnées, ainsi que le suivi des courriels,l'acceptation d'écrire un article, la célérité d'exécution, et les sujets à réserver à cet auteur). Ces tableurs sont incontournables et servent à chacune des étapes du travail. Ils doivent donc être ergonomiques, et savoir évoluer en fonction des besoins.

Il existe un tableur pour chacun des thèmes traité dans l’Atlas (Gènes, Leucémies, Tumeurs Solides, Maladies Héréditaires à risque accru de Cancer, Cas Cliniques, "Deep Insights", Chapitres d' Enseignement).

Chacun de ces tableurs liste les sujets traités, les dates, ainsi que les sujets à traiter, pour lesquels il reste à trouver des auteurs.

Ces tableurs sont mis à jour quotidiennement et les nouveaux sujets potentiellement intéressants y sont ajoutés "au fil de l'eau". Ces ajouts sont alimentés par les lectures d'articles de la littérature et par l'analyse des articles que l' Atlas reçoit.

Chacun des sujets est déterminé par un identifiant unique chiffré qui permet lors de la mise en forme des fiches de réaliser les liens internes.

Régulièrement, sont recherchés les éventuels doublons, l'analyse en est faite, et les tableurs nettoyés.

Exemple ci-dessous: Extraits du tableur Gènes, qui comporte 9000 lignes

 

HOXA9 (7p15)	61	07p15	HOXA9	homeo box A9	t(7;11)/ANLL	done
PAX5 (9p13)	62	09p13	PAX5	paired box gene 5 (B-cell lineage specific activator protein)	t(9;14)/NHL	done
NUP98 (11p15)	63	11p15	NUP98	nucleoporin 98kDa	t(7;11)/ANLL	done
PICALM / CALM (11q21)	64	11q21	PICALM	phosphatidylinositol binding clathrin assembly protein	t(10;11)/ANLL	done
DDX6 / RCK / LPC (11q23)	65	11q23	DDX6	DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 6	t(11;14)/NHL PMID 1394235	FOR SALE
TCL1A / TCL1 (14q32)	66	14q32	TCL1A	T-cell leukemia/lymphoma 1A	inv(14)ort(14;14)ort(X;14)/T-cell	done
BCL3 (19q13)	67	19q13	BCL3	B-cell CLL/lymphoma 3	t(14;19)/NHL/ChrLympho	Reserved
PAX7 (1p36.13)	68	01p36	PAX7	paired box gene 7	t(1;13)/rhabdo	FOR SALE
PRCC (1q21)	69	01q21	PRCC	papillary renal cell carcinoma (translocation-associated)	t(X;1)(p11;q21)renal carcinoma	done
PAX3 (2q35)	70	02q35	PAX3	paired box gene 3 (Waardenburg syndrome 1)	t(2;13)/rhabdo	done
CTNNB1 (3p21)	71	03p21	CTNNB1	catenin (cadherin-associated protein), beta 1, 88kDa	t(3;8)/adenoma PMID: 23490077, 24042511, 25124581	done
LPP (3q27)	72	03q27	LPP	LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma	t(3;12)/lipoma	done
ETV1 (7p22)	73	07p22	ETV1	ets variant gene 1	t(7;22)/Ewing	done
PLAG1 (8q12)	74	08q12	PLAG1	pleiomorphic adenoma gene 1	t(3;8)/adenoma	done
NR4A3 / TEC / CHN (9q22)	75	09q22	NR4A3	nuclear receptor subfamily 4, group A, member 3	Extraskeletal myxoid chondrosarcoma with t(9;22)(q22;q12) or t(9;17)(q22;q11) or t(9;15)(q22;q21)	done
RET (10q11)	76	10q11	RET	ret proto-oncogene (multiple endocrine neoplasia and medullary thyroid carcinoma 1, Hirschsprung disease)	inv(10)/adenocar thyroid	done
AKAP10 / RIa (17q23-24)	77	17q23	AKAP10	A kinase (PRKA) anchor protein 10	thyroid	FOR SALE
WT1 (11p13)	78	11p13	WT1	Wilms tumor 1	t(11;22)/desmoplastic	done
FLI1 (11q24)	79	11q24	FLI1	Friend leukemia virus integration 1	t(11;22)/Ewing/PNET	done
DDIT3 / CHOP (12q13)	80	12q13	DDIT3	DNA-damage-inducible transcript 3	t(12;16)/liposarc	done
ATF1(12q13)	81	12q13	ATF1	activating transcription factor 1	t(12;22)/clear cell sarc	done

 

Les auteurs sont contactés grâce à une boite mail commune. Pour cela, sont utilisés des mails de contact préétablis.

Les mails sont envoyés une fois par semaine, en début de semaine, car il a été remarqué un meilleur taux de réponse sur ces jours là. De même, certaines saisons ne sont pas propices au démarchage des auteurs pour raison de reprise des demandes de subventions ou pour vacances. Ces périodes sont évitées dans la mesure du possible.

Si un auteur ne répond pas, il est recontacté 2 à 3 fois. Sans réponse de sa part, un autre auteur est recherché.…

Statistiques de réponses des auteurs: 55% des auteurs ne répondent pas à l'invitation; 25% des auteurs refusent; 20% des auteurs acceptent.

Si les auteurs refusent ou ne répondent pas, le processus de rechercher d'auteur doit être recommencé. Si aucun autre auteur ne peut ou ne veut écrire la revue demandée, l'équipe doit attendre que de nouvelles recherches soient publiées.

Quand un auteur accepte, l'équipe fixe avec lui un délai dans lequel il pense pouvoir envoyer son article. Ainsi, se gère le flux de publication (aussi bien pour le site internet que pour le journal PDF). Un modèle pour écrire la revue leur est donné, et les informations éditoriales leur sont transmises.

Il est très fréquent que les articles n’arrivent pas dans les délais impartis. Un suivi régulier de l’état des articles en cours doit donc être effectué et des relances faites.

Il arrive également souvent que des auteurs, malgré un premier mail positif, ne répondent pas aux relances ou se retirent du projet, souvent par manque de temps. La recherche d’auteur doit alors reprendre.

Assistance aux auteurs: Il est très fréquent que des auteurs posent des questions auxquelles il doit être répondu (deadlines, demande d’explications diverses…).

 

Une fois l'article reçu, est enregistré la fiche sur un serveur commun. L’information est également rentrée dans les tableurs communs, sur un cahier commun dédié à l’édition et au travail des éditeurs, ainsi que sur des calendriers muraux qui permettent d’avoir une vision globale du flux de publication.

Grâce à ces calendriers, l'équipe éditoriale peut se rendre rapidement compte d’un potentiel manque d’articles pour les journaux PDF et essayer de gérer au mieux le flux d’arrivée des articles. Malheureusement, puisque ce sont les auteurs qui restent maître de leur date d’envoi, de réelles variations dans le débit de publication peuvent se créer et être difficile à gérer.

 

Les articles reçus sont relus par des rapporteurs internes. 97% des articles (soit l'ensemble des articles, exceptés les Cas Cliniques) sont des articles de revue de la littérature rédigés à la demande du comité éditorial de l' Atlas ("commissioned papers"). Ainsi, la pré-sélection des auteurs se fait en amont de l'article. L’auteur ayant donc fait l’objet d’une sélection rigoureuse, le processus d'évaluation et la relecture des articles est prise en charge par le comité éditorial de l’Atlas. A noter que le membre du comité éditorial qui a sélectionné le sujet, puis l'auteur, possède, en fin de processus, une vision assez juste de ce que doit produire l' article (quantité de connaissance en biologie moléculaire et en clinique sur tel ou tel gène).

Les articles ne correspondant pas aux critères de publication ou ne faisant pas un état suffisamment détaillé de la connaissance disponible sur le sujet partent en révision. L’équipe éditoriale doit donc rester vigilante. Environ 20% des articles sont envoyés en révision. A noter qu'il faut souvent relancer les auteurs pour recevoir une version révisée (perte de temps).

Les articles de Cas Cliniques en Hématologie (les 3% restants) suivent un processus d'évaluation externe par 4 à 5 experts, et une décision finale, bien entendu, par le rédacteur en chef de l'Atlas. La quasi-totalité des Cas Cliniques sont revus au moins une fois par les auteurs avant publication : sont acceptés d'emblée 8% des articles; après révision: 68%; et sont refusés 24% des articles.

 

Une fois les articles acceptés, ils sont traités afin de pouvoir être mis en ligne par le directeur de la base de données.

Les articles doivent être formatés suivant un modèle informatique strict afin de pouvoir être pris en charge par les scripts du directeur de la base de données (voir exemple de fiche ci-dessous).

Le texte doit être relu soigneusement afin que soient corrigées les éventuelles fautes (frappe, grammaire, orthographe, …) et chaque référence bibliographique citée dans le texte vérifiée et corrigée si besoin.

L' entête de l’article ("header": ensemble de balises qui permettent l' indexation de la fiche à différents endroits de la base de données selon différents critères) doit être soigneusement rempli grâce aux métadonnées contenues dans l’article. Celles-ci serviront au directeur de la base de données pour intégrer la fiche au sein du site et faire en sorte qu’elle puisse être répertoriée dans les listes dédiées.

Les articles de l’Atlas devant suivre un modèle préétabli, chaque paragraphe de la revue doit être compris dans des balises informatiques et le texte mis en forme selon un codage informatique. Les caractères spéciaux (accents, lettres grecques, symboles, …ex: integrin ανβ3) doivent aussi être codés en format HTML pour que l’affichage sur le site soit correct.

Au sein du texte, tous les liens internes potentiels vers les autres sujets traités dans l’Atlas (gènes, leucémies, tumeurs solides, …) doivent être repérés et ces liens internes crées pour que les lecteurs puissent être redirigés vers les autres articles de l'Atlas s’ils le souhaitent. Il arrive très souvent que de nouveaux sujets pour l’Atlas soient trouvés lors du traitement des fiches. Ces sujets sont alors ajoutés dans les tableurs communs.

La bibliographie contient le plus souvent de 30 à 100 références et doit être traitée dans un format déterminé.

Les articles contiennent aussi des images qui sont traitées grâce au logiciel Photoshop. Le plus souvent, la taille de l’image doit être rectifiée, le fond d'image passé en transparent, le texte est ré-écrit quand celui-ci est trop flou ou a été dégradé lors du changement de taille.

Une fois le traitement de la fiche fini, celle-ci est passée dans un simulateur pour vérification de sa bonne mise en forme, et pour s'assurer qu'aucun passage ne reste invisible (il suffit d' une balise fermante oubliée, tel: > ).

Le fichier et les images jointes sont ensuite envoyés à Jean Loup Huret, l' éditeur en chef, pour validation, puis au directeur de base de données pour la mise en ligne.

Cas particulier des Deep insight et des Educational items. Ces fichiers étant de format libre et ne suivant pas de modèle précis, ils sont traités directement en format HTML, grâce à un logiciel spécialisé: Dreamweaver (logiciel éditeur de sites web). Il faut donc, pour ces fichiers, réaliser tout le codage et la mise en page en HTML (!)

 

Exemple ci-dessous Mise en forme (partielle) d'article: Dans l'exemple ci-dessous, toute partie de texte en couleur doit recevoir un traitement spécial.

 

BEGIN_HEADER

FILENAMESH3PXD2AID45995ch10q24.txt

CLASSE GENE

ID45995

LOCUSID

TRI_PAR_CHROMOSOME10

TRANSLOC t(10;10)(q24;q24) SH3PXD2A/OBFC1

TRANSLOC t(10;13)(q24;q14) SH3PXD2A/RB1

FUSION_GENESH3PXD2A/OBFC1

FUSION_GENESH3PXD2A/RB1

CATEGORYCytoskeleton

END_HEADER

 

etc..

FUNCTIONTKS5 was initially identified as a substrate for <CC: TXT: SRC ID: 448> (Lock et al., 1998), and was subsequently shown to play a critical role in invadosome formation in multiple cell types (Courtneidge, 2011; Murphy and Courtneidge, 2011; Paz et al., 2013). <BR>

FUNCTIONFull-length TKS5 functions as an adaptor for recruiting other proteins to the cell membrane for invadosome formation. The recruitment of TKS5 to the cell membrane depends on its PX domain and phosphorylation by Src (Abram et al., 2003). It has been proposed that phosphorylation of TKS5 releases its PX domain from intramolecular interaction and allows TKS5 to bind to cell membrane phosphatidylinositol lipids, such as phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate (PI(3,4)P₂) (Abram et al., 2003; Oikawa et al., 2008). At the cell membrane, TKS5 is thought to interact with multiple components of invadosomes either directly or indirectly, and thereby mediates invadosome formation and maturation (Sharma et al., 2013). These interacting partners includes adaptor proteins and actin regulatory proteins, such as <CC: TXT: NCK1 ID: 41505>, <CC: TXT: NCK2 ID: 52582>, <CC: TXT: GRB2 ID: 386>, <CC: TXT: CTTN ID: 369> (Cortactin), <CC: TXT: WASL ID: 42803> (N-WASP), <CC: TXT: ACTR2ID: 49744>/<CC: TXT: ACTR3ID: 46303> (Arp2/3) complex, and <CC: TXT: ARHGAP35 ID: 52237> (p190RhoGAP) (Crimaldi et al., 2009; Oikawa et al., 2008; Stylli et al., 2009). <BR>

FUNCTION TKS5 also interacts with <CC: TXT: NOXA1 ID: 41563> and <CC: TXT: CYBA ID: 43882> (p22phox), which are components of the NADPH oxidase complex, and thereby promotes reactive oxygen species (ROS) production by NOX enzymes at invadosomes (Diaz et al., 2009; Gianni et al., 2010; 2009).ROS have been shown to facilitate invadosome formation by maintaining or amplifying the phosphorylation of TKS5. As such, TKS5 is thought to promote invadosome formation via ROS in a positive feedback loop.<BR>

FUNCTION Finally, TKS5 has also been shown to interact with members of the ADAM family metalloproteases, specifically <CC: TXT: ADAM12 ID: 44084>, <CC: TXT: ADAM15 ID: 46345>, <CC: TXT: ADAM19 ID: 46837>(Abram et al., 2003). It is believed that Tks5 recruits theses proteases to the invadosome foci for processing growth factors and regulating cell motility. For example, ADAM12 has been shown to promote ectodomain shedding of <CC: TXT: HBEGF ID: 40369> (heparin-binding EGF-like growth factor) and enhance invadopodia formation in cancer cells (Diaz et al., 2013). <BR>

 

etc...

 

La mise en ligne des articles est quasi hebdomadaire. La bonne mise en ligne de l’article doit être vérifiée. Il faut aussi vérifier que l'article se trouve bien indexé dans les listes dédiées et que l’affichage de l’article est correct.

 

Avant d’envoyer un mail de remerciement aux auteurs de la revue, il est recherché dans leur bibliographie si une autre revue pourrait être traitée par leur soin. Si oui, il leur est demandé si une nouvelle collaboration les intéresserait.

Il est indiqué à l'auteur l’adresse à laquelle il peut trouver sa revue sur le site de l'Atlas.

 

Avant chaque numéro, l’éditeur en charge du journal doit réaliser le sommaire et choisir scrupuleusement quels articles seront publiés. Ceci, afin de gérer au mieux le flux de publication qui est pour la plupart du temps très fluctuant.

Un outil de la future base de données qui réalise une pré-mise en forme des articles et édite le sommaire est utilisé pour aider à la mise en page du journal PDF.

La mise en page de chaque numéro est délicate. Elle s’effectue article par article. Il faut faire en sorte que le numéro soit harmonieux, équilibré, et les images doivent être gérées pour qu’elles gardent la meilleure qualité possible.

Une fois le journal mis en forme et paginé, l’éditeur en chef le valide.

Le numéro est ensuite envoyé à l’INIST-CNRS pour que le PDF soit finalisé. Les éditeurs de l’INIST récupèrent les métadonnées des articles et les associent au numéro. Ils se chargent aussi de déterminer pour chaque article un DOI (digital object identifier) unique, numéro d’identification des articles.

Pour sauvegarde, ce PDF final est également enregistré sur la future base de données.

Une fois toutes ces étapes réalisées, les auteurs sont à nouveau contactés pour être prévenus de la parution de leur article dans le journal et le lien vers leur article en PDF leur est fourni.