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Valeur ajoutée de l'Atlas

 

Encyclopédie faite de monographies originales écrites par des auteurs, l'Atlas combine différents types de savoir. Aucun autre site ne présente autant de monographies sur les gènes, une iconographie très riche. C'est un outil de génomique pour des chercheurs et d'aide au diagnostic et à la décision thérapeutique, pour une médecine personnalisée du cancer. L'Atlas est un site internet et une encyclopédie, mais aussi un journal scientifique.

En conclusion : Base de donnée originale n'ayant pas d'équivalent.

 

Plus de l'Atlas

 

Encyclopédie faite de documents qui sont des monographies originales écrites par des auteurs sélectionnés sur leurs publications dans le domaine (ex: Carlo M Croce et "Common fragile sites and genomic instability", Rolf Marschalek et le gène KMT2A (MLL), George C Prendergast et les gènes IDO1 et 2, Cécile Badoual et "Head and Neck paragangliomas", Maurizio Genuardi et "MUTYH-associated polyposis", Felix Mitelman et "Cancer Cytogenetics"). D'autres bases de données présentent des textes sur les gènes, par exemple Aceview, mais ce sont des textes non expertisés, les phrases composant ces textes étant simplement le fruit de "data mining". GeneCards est une base de liens avec recopie de phrases.

 

Site à point de départ cytogénétique, l'Atlas combine différents types de savoir sur un seul site: gènes et leur fonction, biologie cellulaire (ex: Apoptose:http://atlasgeneticsoncology.org/Categories/Apoptosis.html), données anatomo-pathologiques, maladies et implications cliniques, cytogénétique donc, mais aussi génétique clinique, avec les maladies héréditaires à risque accru de cancer. Cela donne une vision plus vaste et globale de la génétique des cancers, alors que les données sont dispersées ailleurs[1].L'Atlas est le seul site de génétique où il est question du pronostic des maladies; il nous a toujours paru surprenant qu'une donnée aussi cruciale, le pronostic, soit absente des préoccupations des autres sites. … surtout, maintenant, dans le cadre de la médecine personnalisée du cancer!

 

Aucun autre site, journal ou livre ne présente autant de monographies sur les gènes (plus de 1 400, exhttp://atlasgeneticsoncology.org//Recent.html), qui s'ajoutent aux 28 000 fiches non annotées, type "GeneCard" (ex http://atlasgeneticsoncology.org//Indexbychrom/idxa_11.html , voir le paragraphe "Other genes").

 

Iconographie très riche sur les altérations chromosomiques (700 images, ex:http://atlasgeneticsoncology.org/Anomalies/t0609ID1014.html ), de même que sur les gènes (3 000 images, ex: http://atlasgeneticsoncology.org/Genes/EWSR1ID85.html ), la clinique et l'anatomo-pathologie (400 images, ex:http://atlasgeneticsoncology.org/Tumors/OralMelanomaID6647.html ).

 

Axe recherche: L'Atlas est un outil de génomique pour des chercheurs de haut niveau (voir Science, 2011).

Complément de documents de gènes ayant de plus en plus d'importance dans l'analyse d'une anomalie, cas des mutations ou des fusions en relation avec les programmes intensifs de séquençage: l'Atlas est un outil permettant une sélection experte de gènes dans le domaine du cancer. Il a été référencé plusieurs fois comme source pertinente en relation avec une anomalie et plus particulièrement comme identification de gènes associés.

 

Aide au diagnostic et à la décision thérapeutique: l'Atlas guide le diagnostic du cytogénéticien de par son iconographie des anomalies chromosomiques, informe le clinicien sur les pathologies rares, lui permettant d'ajuster son traitement. L'Atlas est particulièrement indispensable dans les maladies rares (les maladies rares, parce que nombreuses, sont fréquentes). La preuve: les cytogénéticiens des cancers du monde entier utilisent tous, et régulièrement, l'Atlas.

 

Vers une médecine personnalisée du cancer: De notre section "Gènes", peuvent être extraits 322 gènes impliqués dans le cancer du colon, 457 dans celui du sein, et 589 gènes dans le cancer de la prostate (voir paragraphe "Other genes implicated" a:http://atlasgeneticsoncology.org//Tumors/breastID5018.html ). Avec le développement des techniques, il apparait maintenant que les tumeurs solides, à l'instar des leucémies, comportent de nombreuses sous-classes (bientôt combien de centaines de cancers du sein, portant des profils génétiques distincts ???). Ceci, ajouté aux développements en biologie cellulaire, démontre que le contenu encyclopédique de l'Atlas est potentiellement une base pour développer une médecine personnalisée du cancer.

 

L'Atlas est un site internet (hyperliens) et une encyclopédie de par son contenu, mais aussi un journal scientifique. La version pdf de l'Atlas http://irevues.inist.fr/atlasgeneticsoncology représente les archives d'un journal trimestriel depuis 1997, passant ensuite de 4 à 6 numéros en 2008, puis à 12 en 2009, comprenant environ 2 500 articles en plus de 100 volumes, et 9 000 pages pour nous permettre ultérieurement d'être référencé par PubMed.

 

Ergonomie: Accès par pages chromosomes (ex: http://atlasgeneticsoncology.org/Indexbychrom/idxa_14.html ). Accès par tableau des anomalies, gènes et fusions de gènes par bandes chromosomiques (ex: http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/11q23.html#GENES ), avec compilation des données les plus récentes sur les anomalies chromosomiques et fusions de gènes (TCGA, Cosmic, TicDB …)

Tableaux synthétiques (ex: nosologiehttp://atlasgeneticsoncology.org/Tumors/Solid_Nosology.html , patterns , categories ...)

 

La structure initiale (en documents indépendants) a été améliorée pour permettre de nombreux liens hypertextes internes: i) liens directs et ii) appel de liens pour un document donnée vers un ensemble d'autres documents (ex: tumeurs citant un gène donnée). L'Atlas contient plus de 17 000 hyperliens internes. L'Atlas est amené à s'enrichir de son propre contenu par des scripts de meta-analyse.

La gestion de liens externes vers la majorité des bases de données publiques intéressantes est automatisée.

L'Atlas est référencé par des sites extérieurs (NextProt, GeneCards, Mitelman database, COSMIC…)

L'Atlas bénéficie du support matériel de l'INIST (CNRS-INSERM) permettant un excellent accès internet (plus de 1,5 million de visites en 1 an)

 

En conclusion : Base de donnée originale n'ayant pas d'équivalent (ou de concurrence), donc nécessaire, aux côtés de nombreuses autres bases, pour une analyse approfondie (ex: Atlas + Mitelman + Cosmic + Gene at NCBI).

 

Moins de l'Atlas

 

- Absence d'exhaustivité et manque de mise à jour de l'existant (lié à un manque de personnel, ainsi qu'à l'ampleur de la tâche: l'Atlas représente déjà environ 50 000 pages).

- Nécessité d'une restructuration en base de données, avec un système de gestion éditoriale, et une ergonomie de consultation plus performante.

- Nécessité d'introduire et de développer les nouvelles technique génétiques.

 

Note: Quelques adresses

- Nouveaux développements:http://atlasgeneticsoncology.org/News.html

- Atlas Journal Pdf/Aspect Scientifique de l'Atlas:http://documents.irevues.inist.fr/handle/2042/15655

e.g.http://documents.irevues.inist.fr/bitstream/handle/2042/56473/vol_19_4_2015.pdf

- Biologie Cellulaire: e.g.http://atlasgeneticsoncology.org/Categories/DNA_repair.html

- Lignées cellulaires: http://atlasgeneticsoncology.org/cell_lines.html

- Nosologie:http://atlasgeneticsoncology.org/Tumors/Solid_Nosology_9.html

- Cates Physique des gènes, marqueurs, et pathologies au niveau de la bande chromosomique: ex.http://atlasgeneticsoncology.org/Bands/21q22.html