L'Atlas a, à plusieurs occasions, été mentionné dans la presse scientifique de façon élogieuse. Quelques exemples...

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Nature Reviews Cancer

Un seul site internet peut-il cataloguer tous les changements génétiques dans tous les types de cancer ? C’est le but ambitieux de l’Atlas de Génétiques et Cytogénétiques en Oncologie et Hématologie, même si son éditeur, Jean-Loup Huret (Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers, France), admet que la tâche ne sera jamais finie. Cet Atlas expertisé permet aux utilisateurs de réaliser leur recherche via différentes rubriques. La section gène contient un sommaire concis des oncogènes et des suppresseurs de tumeurs. Chaque gène a une fiche résumant ses plus importantes caractéristiques, les cancers dans lesquels le gène est impliqué et les liens vers d’autres sources d’informations. Si, pour le choix des entrées, existe un biais favorable en faveur des leucémies, il y a, à l'inverse quelques omissions frappantes (notamment INK4A, ARF et MDM2 sont manquants).

Les fiches de la section Leucémies sont triées selon leur réarrangement chromosomique. Ici vous trouverez des notes sur : leurs caractéristiques cliniques, les traitements, les autres anomalies cytogénétiques en relation avec le réarrangement en question, les gènes impliqués et les références. Il existe une section similaire pour les tumeurs solides, cette fois-ci organisées selon le type de tumeur. Les autres sections incluent les maladies à risque accru de cancer, des articles de fond (deep insight) qui permettent d’entrer dans plus de détails qu’il n’est possible dans les bases de données standard, et des liens externes sur des bases de données complémentaires.

Cette base de données fournit une quantité énorme d’informations dans un format facile d’utilisation, mais qui pourrait être plus réussi si elle était moins ambitieuse. Pour les cytogénéticiens, elle apporte un complément utile à la base de données Aberrations Chromosomiques dans les Cancers de Mitelman. Toutes contributions à l’Atlas sont les bienvenues, donc si votre gène ou votre translocation favorite est manquante, pourquoi ne pas y remédier dès à présent.

Science Magazine

Le cancer reste encore en grande partie un mystère, mais une chose est claire, de nombreuses tumeurs présentent des signatures génétiques spécifiques, des changements qui apparemment déstabilisent la division cellulaire. Une manne d’informations sur ces mutations peut être trouvées sur l’Atlas de Génétiques et Cytogénétiques en Oncologie et Hématologie, un site expertisé qui est dédié aux chercheurs et aux cliniciens. Pour chacun des 260 gènes, et plus encore, reconnus comme étant impliqués dans le cancer, les internautes peuvent trouver une fiche - un résumé à jour - qui décrit les mutations ; la protéine altérée traduite à partir de ce gène et le type de tumeur dans laquelle il est exprimé. Des liens nous mènent vers plus d’informations sur les protéines, les gènes et les bases de données Medline. D’autres fiches décrivent des types de tumeurs solides et des leucémies, aussi bien que des maladies héréditaires, comme le piebaldisme, qui portent un risque accru de cancer.

Les éditeurs du site compilent aussi de nombreuses ressources utiles : liens vers la génétique du cancer, revues de la littérature et outils d’apprentissage, incluant même une introduction aux anomalies chromosomiques. 150 chercheurs ont contribué à l’Atlas depuis la naissance du site, il y a 4 ans. Son éditeur J.L. Huret (Université de Poitiers)écrit pourtant aujourd’hui : "Nous avons besoin de plus d’auteurs".
www.infobiogen.fr/services/chromcancer

Nature

Point de vue sur le catalogue du cancer

Le domaine du cancer est vaste, celui de la génétique, gigantesque. Combinez les deux et les chercheurs risquent la surcharge d’informations. C’est pour cela que les ressources et bases de données sur internet, qui rassemblent et expertisent les informations sur la génétique du cancer, sont inestimables. Désormais, un site qui y intègre les problèmes chromosomiques rejoint le groupe¹.

Des centaines de gènes sont déjà connus pour être impliqués dans l’avènement du cancer, qui se produit quand, des cellules normalement non excitables commencent à se multiplier sans contrôle. Avec le séquençage du génome humain et de celui de la souris, le nombre des données relatives aux gènes impliqués dans le cancer va monter en flèche.

"J’ai pensé que la connaissance grandissait trop vite et que quelqu’un se devait de la recenser" rapporte J.L. Huret du Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers, France. Avec des collaborateurs de l’Europe entière et des Etats-Unis, JL Huret collecte au sein de l’Atlas de Génétiques et de Cytogénétiques en Oncologie et Hématologie l’information toujours croissante relative aux gènes impliqués dans le cancer.

"C’est une tâche énorme" dit-il. Cette base de données, qui est répartie en fiches et en revues sur les gènes et les différents types de tumeurs, est consacrée aux spécialistes du cancer, médecins et chercheurs. "Il ne sera jamais complet" déclare l’homme qui affiche un panneau "travail en cours" sur son site. "Ça peut être intimidant" accorde James Metz du Centre Médical Universitaire de Pennsylvanie, éditeur en chef d’Oncolink, un des plus grands et des plus anciens sites web consacré à l’information sur le cancer. Comprenant plus de 70 000 documents en ligne, Oncolink est utilisé par les patients et les professionnels. D’après J. Metz : "Il y a un besoin croissant d’information". Les réarrangements des chromosomes (le support de l’ADN) sont fréquemment associés aux cancers et sont inclus dans la base de données de J.L. Huret ainsi que dans d'autres. À un point particulier, situé sur le 11e de nos 23 chromosomes, 54 réarrangements différents ont été (pour l’instant) découverts (tous associés à la leucémie (cancer du sang). Dans certains cas de cancer, le type de réarrangement peut affecter le diagnostic et la réponse au traitement.

"Le but est de trouver des thérapies pour ces réarrangements spécifiques" explique Ilan Kirsh qui participe au Cancer Génome Anatomy Project (CGAP) de l’Institut National Américain du Cancer. Il serait préférable pour l’approche actuelle de traiter les tumeurs par radio ou chimio-thérapie. Le CGAP ambitionne de définir l’ensemble des réarrangements génétiques intervenant dans les divers cancers, et héberge un site web d’information sur le cancer, dédié aux chercheurs. D’après I. Kirsch : "[Les bases de données] seront les outils incontournables des années à venir".

Helen Pearson
© Macmillan Publishers Ltd 2001 Reg. No. 785998 England

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