I- Contexte Scientifique

Présentation générale / Pertinence et originalité du projet Le pronostic d'une leucémie dépend des gènes impliqués (survie à 5 ans: 6% dans la leucémie avec inv(3)(q21q26) RPN1/MECOM, 100% dans la leucémie avec dic(9;12)(p13;p13) PAX5/ETV6). Les traitements dépendent de la gravité de la maladie. Mais, de 2 000 à 9 000 gènes sont impliqués dans la cancérogenèse, et plus de 1 000 types de tumeurs solides peuvent être recensés. Certaines pathologies sont fréquentes quand d'autres sont très rares (1 seul cas publié), c'est en particulier le cas de certains sous-types de leucémies … mais il y en a plus de 900! Personne ne possède l'ensemble du savoir pourtant indispensable pour guider le geste thérapeutique dans une pathologie rare. Il faut donc d'immenses bases de données collectant et résumant un savoir toujours croissant, des registres où sont collationnés des cas, observés les caractéristiques de chaque sous-catégorie de tumeur, et conduites des meta-analyses. L'Atlas contribue à la 'meta-médecine', cette médiation nécessaire entre le savoir et l'usager du savoir.

II- Positionnement international de notre équipe / Structure organisationnelle

L'Atlas est un des pionniers de l'Internet, puisqu'il a démarré en 1997. L'Atlas dépasse maintenant 45 500 pages, écrites par près de 3 000 auteurs(Auteurs parfois très connus; ex: Carlo Croce: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=croce%20CM[Author] ), d'une cinquantaine de pays (France, USA, Italie, Grande Bretagne, Allemagne, Japon, Espagne, Canada, Chine...). Le site évolue vers une base de données, visible à: http://atlasonline.critt-informatique.fr .

L'Atlas est en accès libre, ce qui est particulièrement utile dans les pays du tiers monde, ainsi que pour les étudiants.

Axe recherche: l'Atlas participe aux recherches en épidémiologie des cancers. L'Atlas est un outil de génomique pour des chercheurs de haut niveau (voir 28 Jan 2011, vol 331 p 435-439, suppl data).

Axe enseignement et formation médicale continue: l'Atlas est à la croisée de la recherche, de l'enseignement universitaire et post-universitaire (université médicale virtuelle) et de la télémédecine.

Bases de données sur les gènes: quelles base de données, quel site donne des articles aussi complets que l'Atlas sur les gènes, tels que: PTN ou BCL6 http://atlasgeneticsoncology.org//Genes/PTNID41904ch7q33.html et http://atlasgeneticsoncology.org/Genes/BCL6ID20.html.

Nous développons avec l'INIST-CNRS une version journal électronique de l'Atlas (http://irevues.inist.fr/atlasgeneticsoncology ), représentant les archives d'un journal trimestriel depuis 1997, passant ensuite de 4 à 6 numéros en 2008, puis à 12 en 2009, comprenant environ 2 500 articles en plus de 100 volumes, et 9 000 pages pour nous permettre d'être référencé par PubMed.

L'Atlas combine différents types de savoir sur un seul site: gènes et leur fonction, biologie de la cellule, maladies et implications cliniques, cytogénétique, mais aussi génétique clinique, avec les maladies héréditaires à risque accru de cancer. Cela donne une vision plus vaste et globale de la génétique des cancers, alors que les données sont dispersées ailleurs.L'Atlas est le seul site de génétique où il est question du pronostic des maladies; il nous a toujours paru surprenant qu'une donnée aussi cruciale, le pronostic, soit absente des préoccupations des autres sites. l'Atlas contient plus de 17 000 hyperliens internes.

Aide au diagnostic et à la décision thérapeutique: l'Atlas guide le diagnostic du cytogénéticien de par son iconographie des anomalies chromosomiques, informe le clinicien sur les pathologies rares, lui permettant d'ajuster son traitement. L'Atlas est particulièrement indispensable dans les maladies rares (les maladies rares, parce que nombreuses, sont fréquentes).

Développements en biologie cellulaire et en physio-pathologie: les données de l'Atlas sont une véritable mine de savoirs en biologie cellulaire et en physio-pathologie, que nous commençons à exploiter (exemples: Apoptose: http://atlasonline.critt-informatique.fr/biocell/Apoptosis.html?category=3 .

Vers une médecine personnalisée du cancer: De notre section "Gènes", peuvent être extraits 322 gènes impliqués dans le cancer du colon, 457 dans celui du sein, et 589 gènes dans le cancer de la prostate (voir paragraphe "Other genes implicated " a: http://atlasgeneticsoncology.org//Tumors/breastID5018.html ). Avec le développement des techniques, il apparait maintenant que les Leucémies et les tumeurs solides, comportent de nombreuses sous-classes (Ex : bientôt combien de centaines de cancers du sein, portant des profils génétiques distincts ???).

Ceci, ajouté aux développements en biologie cellulaire, démontre que le contenu encyclopédique de l' Atlas est potentiellement une base pour développer une médecine personnalisée du cancer. Il reste à présenter ce savoir -et d' autres- de manière abordable pour le clinicien, et que l'Atlas deviennent réellement un outil des "staff meetings".

Renommée de l'Atlas: Des journaux prestigieux, tels Science ou Nature Reviews Cancer, ont écrit au sujet de l'Atlas. L'Atlas est régulièrement cité en tant que journal dans les plus grands journaux scientifiques (Annual Review of Biochemistry (Impact Factor 29,88), Science (29,75), Nature Reviews Cancer (29,54), Cancer Cell (25,29), Nature Cell Biology (19,53), Journal of the National Cancer Institute (14,07), American Journal of Human Genetics (12,30), Molecular Systems Biology (12,13), Genes and Development (12,08), Genome Research (11,34), Trends in Molecular Medicine (11,05), Blood (10,56), PNAS (9,43)...). L'Atlas est aussi cité comme base de données de référence par Science. Des hyperliens sur l'Atlas sont crées par le National Cancer Institute USA, Swiss-Prot, GeneCards, le Sanger Institute, Mitelman database au NCI, etc... La renommée de l'Atlas peut être vérifiée à: http://chromosomesincancer.org/en/jce/acknoledgements-to-the-atlas.html (Felix Mitelman juge que l'Atlas "has grown into a truly monumental encyclopedic work of great importance to cancer research (...) an invaluable reference and resource for scientists and clinicians").

Qui utilise l'Atlas? L'Atlas est consulté par les publics suivants: 1- Recherche: chercheurs en cytogénétique, biologie moléculaire, et biologie cellulaire; 2- Hôpital: cliniciens, hématologistes, cytogénéticiens, anatomo-pathologistes, principalement, des hôpitaux universitaires, certes, mais aussi d'hôpitaux généraux, où l'Atlas est alors une des rares sources de savoirs. Les internes et chefs de clinique en hématologie, en cancérologie, sont aussi particulièrement intéressés par l'Atlas pour lesquels il s'agit d'un outil de formation. L'Atlas reçoit plus de 1 100 000 visites par an (27% des visiteurs proviennent des USA, 12% de France, mais de nombreux autres viennent de pays en voie de développement). 200 laboratoires de cytogénétique viennent chaque jour, 1 000 visiteurs plus d'une fois par semaine (laboratoires de cytogénétique et/ou chercheurs, enseignants/chercheurs), et 6 000 plus d'une fois par mois (chercheurs, enseignants/chercheurs, étudiants, staff hémato). 5 500 machines individuelles se connectent sur l'Atlas chaque jour. Un incident, le 23 Mai 2008, a provoqué pendant plusieurs heures la disparition de toutes les données de l'Atlas. Nous reçûmes (voir : http://chromosomesincancer.org/en/jce/acknoledgements-to-the-atlas.html#Incident )une avalanche de courriers électroniques affolés des USA, montrant à quel point l'Atlas semblait vital à certains. L'Atlas est aussi exploité par diverses sociétés de biotechnologies ou pharma pour abonder leurs systèmes d’information internes.

Voir surtout, plus récemment les témoignages provenant du monde entier, à : http://atlasgeneticsoncology.org/Supporting_Atlas_First_signatories.pdf

Le Mitelman est exhaustif, mais le Mitelman ne fournit que des données brutes, quand l'Atlas en fait une meta-analyse, décrivant la pathologie, son pronostic, l'accompagnant de l'iconographie des chromosomes si possible (voir: t(1;11)(p32;q23) sur chacun des deux sites). l'Atlas n'est donc pas redondant, mais complémentaire du Mitelman.

Equipe éditoriale : Des Sociétés Savantes ont décidé de subventionner l'Atlas, apportant ainsi leur caution scientifique et la volonté claire que l'Atlas puisse vivre et se pérenniser: Association des Cytogénéticiens de Langue Française et Groupe Francophone de Cytogénétique Hématologique, Belgian Society of Human Genetics et Belgian Cytogenetics Group in Haematology and Oncology, Dutch working group of Tumor Cytogenetics, Berufsverband Deutscher Humangenetiker e.V. et Gesellschaft für Humangenetik e.V., Societa Italiana di Genetica Umana, Sociedad Española de Hematología y Hemoterapia, Australasian Society of Cytogenetics.

L’équipe éditoriale (5 à 6 collaborateurs bac +5 à +8) autour de Jean Loup Huret (rédacteur en chef, MCU-PH, INSERM U 935, Poitiers) et de Philippe Dessen (directeur de la base de données, DR1 CNRS, INSERM U985, Institut Gustave Roussy), s' est constituée historiquement au sein d' une association 1901, car elle n' a pu être portée par des acteurs institutionnels. L' association comporte environ 60 membres  (50% de français, 25% d' américains) et est dirigée par Jean Loup Huret, président de l’association, Hossein Mossafa, vice-président, Bernard Drochon, trésorier, commissaire aux comptes, Martine Jammet, secrétaire, présidente de sociétés); elle comporte un conseil scientifique (http://chromosomesincancer.org/fr/jce/conseil-scientifique.html ) et l' Atlas lui même un comité éditorial (http://atlasgeneticsoncology.org/Backpage.html#EDITORIAL ).

III- Développements

De nouveaux développements sont à mettre en œuvre sont les suivants:

La clinique est très peu développée dans l' Atlas, en raison des compétences, plus tournées vers la biologie, de l' équipe qui l'a crée et le dirige. Pour que l' Atlas atteigne son but principal, le service du patient, l'Atlas soit être "orienté clinique". Afin que le clinicien soit enclin à utiliser l' Atlas dans sa prise de décision, il faut que l' Atlas lui apporte l' information requise, et que l' Atlas devienne "clinician friendly". Pour cela, la présence d' un clinicien au sein de l' équipe de l'Atlas est indispensable.

Une partie de notre activité doit être consacrée à des développements bio-informatiques, à l' heure où de nouveaux champs de la cytogénétique se développent avec l’utilisation plus massive de la FISH, de la CGH, et du séquençage par exome et génome. Des données plus précises -et beaucoup plus nombreuses- sur les mutations, les variations structurales ainsi que les fusions de gènes envahissent les publications.

Ajouter de l' information avec une orientation clinique et vers une prise en charge thérapeutique. Développer les savoirs et le transfert de l’innovation scientifique vers les soins, en particulier dans le cadre de thérapies ciblées. Développer des arbres de décision (utilisation des recommandations de la SFH et de la HAS pour chaque pathologie); mettre les listes des examens à réaliser en fonction de chaque étape de la pathologie (diagnostic, suivi, rechute).

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